南宋末年,江南少年杨过自小父母双亡,被父亲生前结义兄弟、江湖上有名的大侠郭靖夫妻收养。杨过个性倔强,脾气顽劣,为郭靖的妻子黄蓉所不容,无奈之下,郭靖唯有把杨过送到当时号称天下武学正宗的全真教去学武。
然而全真教教规森严,天性叛逆的杨过偏生又拜了心地狭窄的小人赵志敬为师,在教中吃尽苦头,忍无可忍,终于逃出全真教,被追打之下慌不择路,无意中逃进了活死人墓。
活死人墓中隐居着一位少女,此女便是神雕女主角小龙女。她从小就生活在活死人墓中,不谙世事。孙婆婆临死前央求她收留杨过,最终她收留了杨过,并且收他为徒。从此师徒二人在墓中一起练武、一起长大,渐生情愫,如此这般度过了两年幸福时光。不过,不谙世事的两人却都不知道这就是世间至纯至真的爱情。后来李莫愁前来抢夺玉女心经,两人被迫走出墓中。小龙女却因被全真教甄志丙玷污,误以为是杨过,杨过懵然无知,愤而出走。杨过四处寻找小龙女,在寻找小龙女的过程中,遇上别的女子,从别的女孩对自己的情愫中,杨过才恍然明白小龙女对自己的感情,终于明白了爱情的味道。因为蒙古铁骑即将南下,中原武林大会,要结盟对抗蒙古人,却被蒙古国师金轮法王一伙人前来挑战,郭靖等人因对方接连使用卑鄙手段而陷入窘境。关键时刻,小龙女和杨过无意中卷入纷争,和郭靖等人一起打败了金轮法王。
郭靖等人佩服感谢小龙女,更为杨过骄傲,郭靖甚至要把自己亲生女郭芙许配杨过,但是杨过非但拒绝了这门亲事,反而说要娶小龙女为妻。此言一出,众人大惊——宋朝礼教森严,师徒通婚乃是大逆不道。二人爱情不能为这世俗所容。小龙女知道自己和杨过的爱情让杨过被众人唾弃,为了杨过能够被郭靖等人接受,她黯然离去,后来练功时因思念杨过走火入魔,却被绝情谷主所救,绝情谷主也被小龙女深深迷住,要娶她为妻,心如死灰的小龙女答应了。
就在小龙女出嫁前夕,杨过找到了绝情谷中来,二人相逢,顿时爱情之火不可遏制,小龙女知道杨过对自己的感情始终未变,于是拒绝了绝情谷主的婚约,绝情谷主情急之下,用绝情谷独有的“情花”刺伤杨过,唯一能够解毒的办法,就是谷中特有的绝情丹……